Борис Петрович Бабкин родился 5 января 1877 года в Курске, в дворянской семье. В 1895 окончил в Петербурге гимназию Я. Гуревича. В том же году поступил на естественное отделение Петербургского университета, а в 1896 году перевелся на медицинский факультет Харьковского университета. В 1898 году поступил на третий курс Военно-медицинской академии, которую окончил в 1901 году с отличием. Под влиянием известного музыканта В. Андреева Бабкин увлекся игрой на народных инструментах. В 1896 году опубликовал статью "Балалайка. Очерки ее развития и усовершенствования". В 1898-1900 годах вышли отдельными изданиями еще два его руководства по игре на балалайке.