После кровоизлияния в мозг в 1909 году у Тимирязева остались парализованными левая рука и нога. В 1911 году он покинул университет вместе с около 130 преподавателями, протестуя против притеснений студенчества и реакционной политики министра просвещения Кассо. Павлов так охарактеризовал своего коллегу:
Климент Аркадьевич сам, как и горячо любимые им растения, всю жизнь стремился к свету, запасая в себе сокровища ума и высшей правды, и сам был источником света для многих поколений, стремившихся к свету и знанию и искавших тепла и правды в суровых условиях жизни.
Как и Дарвин, Тимирязев искренне стремился к сближению науки и, как ему тогда представлялось, основанной на разуме и освобождении либеральной политики России и Великобритании.
Уже в 1914 году разочаровавшись в мировой бойне, Тимирязев через год принял приглашение Горького возглавить отдел науки в антивоенном журнале «Летопись».
Ленин тем не менее рассматривая «Летопись» как блок «
махистов» (
позитивиста Тимирязева) с Организационным комитетом
Августовского блока 1912 года, в письме к
А. Г. Шляпникову мечтал добиться союза с Тимирязевым против Августовского блока, но, сам не веря в это, просил хотя бы поместить в этот популярный журнал свои статьи. Всё же формально сотрудницей Тимирязева стала только
Надежда Крупская. ЦК партии
эсеров с сентября
1917 выдвигал кандидатуру К. А. Тимирязева на пост министра просвещения
Однородного социалистического правительства. Но наблюдая раскулачивание «немцев» (успешно конкурировавших с помещиками крестьян-товаропроизводителей, особенно фронтовиков), закономерные продовольственный кризис и продразвёрстку, отказ Временного правительства вернуть крестьянам всю незаконно захваченную помещиками землю, а земле и растениям — крестьян из окопов, К. А. Тимирязев с энтузиазмом поддержал
Апрельские тезисы Ленина и
Октябрьскую революцию, которая вернула его в Московский университет