Павлов воспринял большевистскую революцию с болью и ужасом. «Он говорил постоянно о гибели родины, — вспоминал один из его близких друзей, — враждебно и недоверчиво относился к большевикам, открыто выражая свое неудовольствие "различным их мероприятиям"». Эти чувства разделялись большинством его коллег. Военномедицинская академия и Институт экспериментальной медицины приняли в ноябре 1917 г. резолюцию, в которой обличались «насильники, захватившие власть»